สถาบันพยาธิวิทยา มีหน้าที่ในการให้การศึกษาและฝึกอบรมทั้งในระดับก่อนปริญญา และหลังปริญญา โดยเป็นสถานที่ฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน สาขาพยาธิวิทยากายวิภาค หลักสูตร 3 ปี (รายละเอียดสามารถดูได้ในลิงค์ กลุ่มภารกิจวิชาการและการแพทย์) ซึ่งเริ่มให้การศึกษามาตั้งแต่ พ.ศ. 2515
สถาบัน ฯ ให้การสอนแพทย์ประจำบ้านต่อยอด สาขาอายุรศาสตร์โรคไต-โรคระบบทางเดินอาหารและตับ แพทย์ประจำบ้านสาขาศัลยศาสตร์และศัลยศาสตร์ออโธปิดิกส์ ของ รพ.ราชวิถี สาขากุมารศัลยศาสตร์ ของสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติ ฯ (รพ.เด็ก) รวมทั้งสอนในสาขาพยาธิสูตินรีเวชวิทยา จากสถาบันฝึกอบรมพยาธิวิทยากายวิภาคทั่วประเทศ
สถาบัน ฯ ยังเป็นแหล่งเรียนรู้สำหรับนักวิทยาศาสตร์การแพทย์ และนักเซลล์วิทยาจากทั่วประเทศ รวมทั้งเป็นสถานที่ฝึกงาน ของนิสิต/นักศึกษา สาขาวิทยาศาสตร์การแพทย์ และพยาธิวิทยากายวิภาค จากหลายมหาวิทยาลัยอีกด้วย